Oprócz bezpośredniego niszczenia tkanek, enzymy wydzielane przez nicienie mogą również zmieniać metabolizm roślin, zakłócając równowagę między syntezą a hydrolizą na niekorzyść syntezy, lub powodować zaburzenia w metabolizmie hormonów roślinnych. Zaburzenia te mogą powstawać wskutek wyzwalania fizjologicznie czynnych substancji takich jak np. kwas indolilooctowy, kwas giberelowy, związki fenolowe, z niektórych nieaktywnych kompleksów, np. białkowych lub glikozydowych, uruchamiania w roślinie układów syntetyzujących czynniki wzrostu i podziału komórek, rozkład tych czynników lub hamowania ich syntezy czy też wydzielania przez nicienie do tkanek rośliny fizjologicznie czynnych substancji o działaniu podobnym do roślinnych hormonów wzrostu. Wymienione zakłócenia w metabolizmie substancji wzrostowych powodują hypertrofię komórek i nienormalne podziały, wskutek czego powstają tzw. komórki olbrzymie, różnego rodzaju kalusy i wyrosłe. Często zaburzenia w gospodarce hormonalnej nie ograniczają się do tkanek porażonych przez nicienie, ale obejmują całą roślinę, co pociąga za sobą zakłócenia ogólnego metabolizmu. Niezależnie od bezpośredniego działania destrukcyjnego na tkanki oraz powodowania zmian w metabolizmie rośliny, nicienie stymulują rozwój grzybów i bakterii patogenicznych . Stymulowanie to polega na stwarzaniu w roślinie odpowiedniego dla nich środowiska w wyniku wydzielania przez nicienie do tkanki rośliny enzymów hydrolitycznych.